“皮卡丘，该结束这场战斗了，给它最后一击，用钢铁尾巴。”“电击魔，我们也用钢铁尾巴！”皮卡丘和电击魔都迅速冲向对方，尾巴上闪现出了银光……
随着激烈的碰撞，场上霎时弥散出一团硝烟，渐渐的遮盖了整个战斗场地。
待硝烟散去，只见皮卡丘半蹲着，两眼怒视着对面的电击魔，而电击魔却面带奸笑，昂首站立着。看到如此，智的额头上冒出几滴冷汗，而真嗣却不屑的甩了甩头。
谁也没有想到，忽然间，电击魔双眼圆睁，直直地向后倒了下去，愣是把真嗣吓得连退几步。“电击魔失去战斗能力，所以这场比赛的胜利者、新奥联盟比赛的优胜者是来自真新镇的小智！”
这场宿敌之战在持续了三个小时之后，终于拉下了帷幕。此时此刻，看台上爆发出了雷鸣般的掌声。智跑到场上，抱起了皮卡丘，向众人挥手致意；而真嗣收回了电击魔，边说着“切，真是没用。”边一脸不满地走出了赛场……
智躺在床上，回想起之后的一切：光和刚的祝福，颁奖典礼，新奥联盟的闭幕式……这些都在转瞬之间，悄然逝去。赢得比赛，对智来说，应该是件值得开心的事，因为他取得了新奥联盟的冠军，也算是完成了自己成为神奇宝贝大师的梦想。然而智心里却感觉不到一点开心，心中满是空虚。
“皮卡丘，我们出去吹一下风吧！”听到如此，皮卡丘一跃到智的肩上，望着他。智带着皮卡丘，来到了比赛会场旁的湖畔。望着天空，智的眼前渐渐浮现出一个身影，红色的衣服，绿色的头巾，温柔的笑容，飘逸的短发……智从口袋里拿出了那半个缎带，握在手心里，眼前的那个身影越来越清晰，越来越近……对了，小遥现在这么样了呢？华丽大赛还顺利么？狩猎凤蝶它们怎么样？我也有一年没看到她们了，她现在应该已经坐船平安回到橙华市了吧！小胜他现在是不是也成为训练家了呢……
智这么想着，摸了摸皮卡丘的头，随口说了一句：“皮卡丘，你觉得小遥怎么样？”“皮？皮卡！”皮卡丘笑了，高兴地叫了声，看着小智。“皮卡丘，你也蛮喜欢她的吧！”智轻抚着皮卡丘，顿了顿，“前两天和她通了电话，她说最近要去城都地区。我听说城都出了新的战斗领域，那些首脑们的实力据说比关东的还强呐！我想去挑战。接下来我们就去城都地区吧，也问问小遥愿不愿意一起旅行，顺便叫上小刚和小光吧，一起也能做个伴！”“皮卡！”
吹了吹风，智的心情也平静了下来，悠悠地走回了精灵中心。
刚一进门，就听到刚在大喊“小智，你在哪里？快出来！有十万火急的事啊！”智刚想回应，一想，应该没有什么事能让刚这么激动，除非是有大事！就赶忙应声，向刚才发出声音的地方跑去。
随着砰的一声，智和刚在一个转角撞在了一起。
“小智，不好了！刚才我的精灵齿轮（就是DP中城都那群人走前给的地图）收到了从大木研究所发来的求救信号。现在我已经给真新镇的警方打过电话了，我们怎么办？”三秒钟过后，小智大喊：“快走，小刚，我们回去，大木博士有麻烦了。小光呢？”“恩，她现在不在，貌似一个人出去了。”“算了，回到真新镇之后再向她说明吧！”边跑边说的两人以极快的速度冲出了精灵中心。
“我们怎么过去？”刚一脸迷惑地看着智。“等一下！”智冲向森林，“滑翔天蝎，出来一下，我有急事要你帮忙！”随着一阵风刮过，一只滑翔天蝎乘着月光飞向并撞向小智。“好了，出来吧，姆克鹰！小刚你乘上它。滑翔天蝎，就拜托你了。姆克鹰，把小刚载到真新镇，走吧！”就这样，两人分别乘上了姆克鹰和滑翔天蝎，朝着真新镇为目标前进。
路上，智对刚说：“你也知道，研究所里有我和小茂的，还有一些前辈们的精灵，它们就算是训练家不在，也都是很强的，如果连它们也不能抵抗的话，就只能说明一件事！那就是对方很强或者对方拥有我们所不知道的精灵！”，智又接着说：“据我说知，在关东地区能做到这样的，就只有火箭队（不是那三人组，是正牌的）！所以我才要这么急地赶回去！”
在另一边，真新镇的研究所里，大木博士手被绑着，嘴被封着，倒在一边，而在他面前的是……